ネクロバットの次はペガシオンです。ここではステージ上に時限爆弾があり、すべて破壊に成功するとトロフィーがもらえます。なので、ここはフォースアーマーとファルコンアーマーがありますが、どちらでも可能なように攻略していきます。本来ならばファルコンアーマーですとステージクリアが容易かつアーマーパーツもとることができるのですが、ペガシオンに攻撃を当てにくくなってしまいますのでフォースアーマーの選択肢もありなんですよね。何せ弱点武器がダークホールドなので、エックスでは時止め中に殺しきれないんです。そして相手が飛んでいるときはフォースアーマーのチャージは当たりますがファルコンは当たらないんですよね。そしてほとんど飛んでいる状態なので相性が悪すぎるんです。一応初心者の方はフォースアーマー推奨です。
さて、時限爆弾一つ目はエイリアの指示通り速やかにチャージショット。
二つ目は上にチャージショット。
三つ目は下にチャージショット（画像でサンダーなのはただのプレイミスです）
四つ目はフォースアーマーの場合はサンダーのチャージショット。
ファルコンアーマーの場合はダークホールドで時止め。
五つ目は一番上までいってチャージショット。このミサイルを撃ってくる敵の二体目が上に見えたら、少し上にいくとカウントダウンが始まりますので急ぎましょう。
さて、ここを抜けますと、エレベーターで下まで行くことになりますが、これは先に下に落ちて敵を倒していきましょう。挟まってはいけませんがそうすることで、三つ目のウェポンタンクが手に入ります。
そしてここを出ますと上に上がりますが、ファルコンアーマーの場合、↓あたりからフリームーブで真上に行きましょう。アーマーパーツがあります。もしフォースアーマーだったのであれば、ペガシオン撃破後にここにファルコンアーマーで来ましょう。
そして先に進むと上昇エレベーターがあり、また時限爆弾があります。これはエレベーターから降りなければカウントダウンは始まりませんので、エレベーター上で敵を倒してから右側へ行きましょう。見えている敵以外はいないので、速攻で潰せるはずです。
そしてボス戦。基本的にペガシオンは一定の高さを飛んでおり、降りてきながら体当たり・体当たりで残像を飛ばす・画面外に出てきて体当たり・徐々に大きくなる竜巻を三つ投げてくるといった攻撃が主になります。すべてが吹っ飛ばし攻撃ですので落ちないようにしましょう。フォースアーマーの場合、ジャンプで攻撃が届きますので、攻撃をよけながら適宜ダメージを与えましょう。すると画面外に行きますので、出てくる方向は敵が消えていった方向から近いところですので、左右にダッシュしながら避けるといいでしょう。なもしファルコンアーマーならばフリームーブでもよけることは可能です。再度あらわれましたら竜巻を投げてきますが、真下が安置です。フォースアーマーならばここで連撃を加えましょう。
弱点武器はダークホールドで、相手の動きが一定時間とまります。ゼロならば殺しきることも可能ですが、エックスにはできないので、使いどころは考えて使いましょう。
さて、ボスを倒した後の選択ですが、
・ライフアップ→ハイジャンプ（ジャンプ力アップ）
・エナジーアップ→ スピードムーブ（移動速度上昇。フリームーブも速くなる）
この二択になります。これはエナジーアップ一択です。個人的にハイジャンプは地雷だと思ってます。理由としましてはギミックは通常ジャンプに合わせて作られていることがほとんどのため、敵の攻撃などもよけにくくなるからです。特にラスボス第一形態では超高威力技の時にジャンプでちょうど越えられるというものがありますが、ハイジャンプだと当たってしまいます。逆にスピードムーブは効率アップだけでなく、フリームーブの実質的な強化なので、ファルコンアーマーには常につけておきたいところです。
ここで手に入る特殊武器は「ウイングスパイラル」と「疾風」。ウイングスパイラルは上方向に竜巻を発生させる攻撃で、発動後エックスも少しだけ前方に小ジャンプするのが特徴。サンダーと違い、少し前気味の上に飛んでいくが、地形は貫通しないので、使いどころはあんまりないです。逆に、チャージは前方に竜巻を飛ばす技で、雑魚掃討に向いてます。竜巻もゆっくりで持続力が高いので、これを壁にしながらダッシュで進むといったことも可能。 ゼロの疾風はダッシュ攻撃で、斬層の攻撃が前方に飛んでいく仕様です。使いどころはあまりありませんが、ノーダメージで突っ込んでいく攻撃と考えれば割と助かる場面もあります。
ペガシオンを倒しますと、再度ダイナモが現れます。弱点は先ほど手に入れたウィングスパイラルです。タイミングよくチャージショットを当てれば完封できます。一応攻撃パターンは前回のものに加えて、エネルギー波を出す攻撃を撃ってきます。一発目は↓図。二発目三発目は右側半分左側半分といった感じに連発してきます。
他は特に変わってませんので、サクッと倒してしまいましょう。