次に攻略するのはシャイニング・ホタルニクス。研究所を進みます。最初に自分で扉を壊して橋代わりにする場所は下に行くとライフアップがありますが、ガイアアーマーかファルコンアーマーでないとれませんので無視です。そして途中にある明らかに燃えそうな木の部分は炎技を取った後に来ましょう。とりあえず現状は二つとも無視です。エイリアの指示通り進みますと、中ボスとしてレーザーを撃ってくる三つの機械戦になります。これは常に中央に陣取って、黒を正面から攻撃し、レーザーをよけましょう。
一応こんな感じ↓
弱いのであっさり終わると思います。さらに先に進むとエナジーボール的なものを転がしてくるギミックが出てきます。エナジーボール自体はショットなどで壊せますし、機械はクレッセントショットで壊せます。当然チャージでも壊せますので、バリアで進んでいくのもありです。というかそれ用にエナジー回復が点在している親切使用です。途中で蛍が上から攻撃してくる場所があるかと思いますが、その上にあるエナジーボール撃ってくる機械がありますので、それを破壊しましょう。するとアーマーパーツが手に入ります。
↓こののぼってくださいと言わんばかりの上にあり
さて、他は特にいうべき場所もないのでボス戦です。ボスは左右移動→瞬間移動しながらうろうろ・ゆっくりした誘導弾を撃ってくる。横向きにレーザーを上から下に撃ってくるといった攻撃が主です。ライフが減ってきますと移動や弾速が上がり、縦向きのレーザーを反対側の壁に移動しながら撃ってくる攻撃も追加されます。弱点武器はトライサンダーで、当てるとぼとっと上から降ってきます。チャージショットを真上で充てるとこちらもダメージを食らうことになりますので注意が必要です。特殊武器はチャージショットではなくノーマルショットの方が安定性はあるかと思います。ちなみに下の画像の位置取りですと落ちてきてもこちらにダメージを受けないのではめることが可能です。
さて、ボスを倒した後の選択ですが、
・ライフアップ→ラピッド5（ノーマルバスターの連射が３発から５発までになる）
・エナジーアップ→ ショットイレイザー（敵の弾をセイバーで斬ることが可能に）
この二択になります。これはライフアップでいいと思います。ショットイレイザーは黒ゼロになれば常備されますので、この攻略では使いどころがありません。ラピッドも使いませんがライフアップの方が優先ですので、ライフアップにしましょう。
ここで手に入る特殊武器は「ウィルレーザー」と「滅閃光」。ウィルレーザーは発動中はエックスを動かかす事ができず、弾の軌道を操作することになります。うっかり空中で打てば落ちてしまうので、使いどころには注意しましょう。ゆっくりと倒しにくい敵を殲滅する場所では使えますが、燃費の悪さにも注意しましょう。威力は割と高いです。チャージは地形無効の前方へレーザーを撃ちます。一定時間レーザーは続き、エックスもその間動くことができる上、威力も高いですので、非常に使い勝手がいいです。ちょっと面倒な雑魚が出てきたというときはこれで殲滅しながら進みましょう。地形無効なのでゴリ押しもできます。そしてゼロの滅閃光ですが、これも非常に使い勝手がいい。回数は少ないものの、発動時無敵で周囲に拡散するエネルギー波を出します。攻撃力も高く範囲も広いのですが、私は緊急回避でよく使ってました。特にラスボス戦。いざというときにはどうぞ。
次に行くのはネクロバットステージ。使用するのはフォースアーマーかファルコンですが、これはどちらでもいいです。個人的にはネクロバットを倒すのはフォースの方が速いのでフォースアーマーにしてます。ただし、ステージの安定性は明らかにファルコンの方が上ですし、ネクロバットはボスの中でも熊と同レベルの雑魚なのでファルコンでもいいと思います。挑む前にエナジーセイバーをつけておきましょう。また、ホタルニクスのステージでファルコンアーマーでのライフアップ取りはまだしません。敵のレベルが上がると面倒ですし、炎を取った後の方が効率的ですので。
さて、ステージですが、最初～リフトを使うギミックまでは敵をすべて無視しましょう。下手に足を止めてしまうとダメージを食らう可能性が激増します。敵は無視。星座から出てくる前に通り過ぎて近づいてくる蝙蝠は一瞬振り返ってチャージショットでOKです。
さて、リフトに乗りますと、敵が載っている床などがありますが、自分の方に向かってくるバット以外は無視でいいです。ダメージ覚悟で突っ込み、スルーしましょう。蝙蝠に落とされる方が面倒です。そして正規のルートを通ってないの場所は一度向こう側にリフトがいくとこちらに戻ってきますので、左上の方で待機。リフトが戻ってきたら乗りましょう。ちなみに星座から振ってくる針山は踏むと即死なので注意。進みますと床が連続してますが、これはリフトに少しだけ先まわるような感じでOKです。過ぎた後の上から出ているとげ罠はしゃがめば回避できます。そしてこの後上にエネルギータンクがおいてありますが、これは通常のジャンプで届く高さになっておりますので、間違ってダッシュジャンプはしないこと。逃す可能性が高くなります。近づいてきたら普通にジャンプして一番高いところで空中ダッシュすれば壁けりで登れます。 もし失敗したのなら落ちて死ねば再度挑戦可能です。右端に行くとコンティニュー場所が更新されてしまいますので、行かないようにしましょう。
↓この高さでもダッシュすれば壁けり可能なので取れます。
お次は重力反転の場所ですが、こちらは３回目の反転場所を通った時、再度入りなおして上下をもう一度入れ替えましょう。そうすればステージ難易度が大きく下がる上、道中でライフアップも取ることができます。
↓ちょっと見にくいですが、ジャンプしすぎないように注意しましょう。
そこを過ぎるとボス・・・の前に下に落ちましょう。すると以下の画像の場所になります。そこでウィルレーザーのノーマルショット操作で裏から当てると道が開く仕組みになっております。まず、成功するまで挑戦は可能ですので諦めず、ここでとっておきましょう。死ねばこの一歩手前復帰＆エナジー全回復です。別にボスまでに弱点武器は残さなくても問題ないので、ガンガン挑戦しましょう。イライラ棒を思い出しますね。
さて、ではボス戦ですが、基本的に左右反対側からのチャージショットをしていれば倒せます。攻撃方法は雑魚蝙蝠大量生産・噛みつき・超音波の三つが主で、ライフが減ってくれば時を止めてきます。雑魚大量生産はプラズマチャージで一層。噛みつきは反対側の壁下にいるもしく壁から反対側へ飛び越すようにジャンプで避けられる。超音波はゆっくりなので上下に移動して避ければいい。時止めは止めている最中に雑魚蝙蝠を呼ぶだけなので普通にチャージショットで蹴散らすことができる。運が良ければ初見ノーダメも容易な敵です。
もし弱点武器を使用するのであれば、ウィルレーザーが弱点ですが、ダメージを受けた後の無敵時間が長いので、チャージではなくノーマルでぶつける方がいいと思います。ただ、総合的に見て弱点武器よりエックスバスターの方が無敵時間が短いので早いような気がします。多分。気持ち的な問題かもしれませんが。私は通常武器を基本に、超音波を出して来たらウィルレーザーのチャージぶっぱして攻撃を止めたりしてます。
さて、ボスを倒した後の選択ですが、
・ライフアップ→ウィルスバリア（ウィルスダメ半減）
・エナジーアップ→ ウィルスバスター（ウィルスを攻撃可能）
この二択になります。これはどっちも使いませんのでライフアップ取得でいいでしょう。両方他のカスタムの方が優秀なので使いどころがほぼありません。
ここで手に入る特殊武器は「ダークホールド」。エックスゼロ唯一の共通技ですね。残りエネルギー分と気を止めることが可能で、ギミックもとまりますので、色々と使える武器です。他の武器に切り替えると時と目を解除できますが、基本的に１ステージ一か所と思って使った方がいいでしょう。尚、一撃死レーザーを食い止めることも可能ですが、そのステージを使わずにクリアのトロフィーもあるので、一度使わないで攻略せざるを得ない場所もあります。